Eine vom niederländischen Center for Science and Technology Studies durchgeführte Untersuchung hat ergeben, dass die an der mathematisch-naturwissenschaftlichen Fakultät durchgeführte Forschung von hoher internationaler Bedeutung ist.

Die im Auftrag der Rektorenkonferenz der Schweizer Universitäten (CRUS) durchgeführte bibliometrische Studie analysiert für die Periode von 1997-2007 auf der Grundlage der Web of Science-Datenbank sowohl die Publikationen der naturwissenschaftlichen Forschenden der Universität Freiburg als auch die Häufigkeit, mit der diese zitiert werden. Dabei zeigt sich, dass die Artikel der Freiburger Naturwissenschaftlerinnen und -wissenschaftler in den renommiertesten internationalen Fachzeitschriften publiziert werden und dass diese Artikel überdurchschnittlich häufig zitiert werden. Der Anteil an Freiburger Publikationen in den „top 10%“ der weltweit meistzitierten Artikel liegt deutlich höher, als aufgrund des Verhältnisses zur Gesamtheit der im Web of Science enthaltenen Artikel zu erwarten wäre. Viele wichtige Publikationen gehen aus der Zusammenarbeit in internationalen Netzwerken hervor.

Den beiden Fächern Psychologie und Informatik kann diese Studie allerdings nicht gerecht werden, da die Beschränkung auf das Web of Science als Datengrundlage zur Folge hat, dass nur Zeitschriften und keine anderen Publikationsformen berücksichtigt werden und dass deutsch- und französischsprachige Literatur unterrepräsentiert ist. Das Beiziehen fachspezifischer Datenbanken ist für bibliometrische Analysen dieser Fächer sowie für die übrigen Geistes- und Sozialwissenschaften unerlässlich. Umstritten ist hier auch der Nutzen von Zitationsanalysen, stattdessen verlangen viele Experten eine stärkere Berücksichtigung qualitativer Kriterien.