Fonds
Der Hochschulrat ist nicht nur für die Gelder verantwortlich, die der Universität durch den Hochschulsonntag zukommen, sondern er verwaltet auch einige Fonds, die er eröffnet hat oder die ihm zur Verwaltung anvertraut wurden und für spezifische Bedürfnisse der Universität verwendet werden. Dabei handelt es sich um den Fonds Hamernik, den Fonds Westermaier und den Fonds Perler. Ferner hat die Schweizer Bischofskonferenz dem Hochschulrat im Jahr 1999 für die Ausübung seiner Funktion als Finanzorgan die Stiftung Pro Universitate Friburgensi zur Verfügung gestellt.
Fond Westermaier
Für Projekte die an den Dialog zwischen den Naturwissenschaften und dem Glauben gebunden sind
Fond Perler
Für wissenschaftliche Forschung und Veröffentlichungen auf dem Gebiet der Patristik und altchristlicher Archäologie