Historique du Conseil
En 1949, les évêques suisses s'engageaient à soutenir financièrement l'Université de Fribourg, université d'état fondée pour former les catholiques de Suisse. Ils ont alors signé une convention avec le Conseil d'Etat pour fixer les modalités de leur engagement. Cette convention scellait la constitution du Conseil de l'Université.
Sa mission est fixée dans un règlement édicté par la Direction de l'instruction publique.