Fribourg, le 19 juillet 2006. Un nouvel outil informatique, développé par la Faculté des sciences de l'Université de Fribourg, facilite le déchiffrage de l'expression génique d'un organisme. Ce module, en place depuis seulement quelques jours, est le résultat d'une fructueuse collaboration entre deux disciplines.

Si une maladie atteint une plante ou un être vivant, les chercheurs s'intéressent généralement à l'expression des gènes présentant une fonction immunitaire. L'expression génique donne des renseignements sur le fonctionnement et les chances de guérison d'un organisme. Jusqu'à il y a peu, l'expression de nouveaux gènes ne pouvait être mesurée qu'avec difficulté et dans un cadre très restreint. Un cap important pour la biologie et la médecine a été franchi depuis que l'inventaire global des gènes de divers organismes (animaux, plantes, champignons, bactéries) a pu être établi, ainsi que la technique «Microarray» qui en découle. Dans ce processus technique moderne, l'activité de tous les gènes exprimés dans une cellule peut être définie en une fois. Alors qu'auparavant les chercheurs avaient besoin d'une année à deux ans pour analyser avec peine quelque huit gènes, aujourd'hui les 22'000 gènes d'une plante peuvent être mesurés en l'espace de quelques semaines.

Un projet interdisciplinaire

Le processus «Microarray» génère une multitude de données dont l'analyse est particulièrement astreignante. Mais avec l'aide d'outils adéquats, il est possible de découvrir des données intéressantes. Dans ce but, des biologistes et des mathématiciens de l'Université de Fribourg et de l'Ecole d'ingénieurs et d'architectes se sont réunis. Ils ont ainsi collaboré durant trois ans pour élaborer le programme informatique «FiRe» (Find Regulons), basé sur Excel, qui vient d'être mis en place et publié dans la revue renommée « Trends in Plant Science ». Grâce à «FiRe », les données prélevées par le processus «Microarray» peuvent être comparées, analysées et visualisées très rapidement. Pour les chercheurs, ce module d'accès libre représente non seulement une économie de temps énorme, mais selon le Prof. Jean-Pierre Métraux il dévoile également de toutes nouvelles relations entre les gènes. Ainsi lors d'une infection, les chercheurs peuvent observer quand la plante utilise certains gènes au cours de différents stades de la maladie, ou si un organisme réagit de manière différente selon les ennemis qui l'attaquent. «De telles découvertes font beaucoup progresser la recherche sur la résistance des plantes», déclare le Prof. Métraux.

Gratuit et convivial

Le nouvel outil informatique devrait à l'avenir grandement faciliter le travail des biologistes et des médecins. «Le software  FiRe  est très adapté à l'utilisateur et fonctionne sur tous les PC munis d'Excel», affirme Jean-Pierre Gabriel, professeur de mathématiques à l'Université de Fribourg. L'outil sera utilisé dans différents projets du groupe de biologie fribourgeois.

Lien : http://www.unifr.ch/plantbio/FiRe/main.html

Informations supplémentaires :

Prof. Jean-Pierre Métraux, Département de biologie, tél. +41 26 300 88 11, e-mail : jean-pierre.metraux@unifr.ch

Prof. Jean-Pierre Gabriel, Département de mathématique, tél. + 41 26 300 91 89, e-mail : jean-pierre.gabriel@unifr.ch

Groupe de recherche : Christophe Garcion et Jean-Pierre Métraux (biologie, Uni Fribourg); Jean-Pierre Gabriel, Thomas Fournier et Jérôme Pasquier (mathématique, Uni Fribourg), Richard Baltensperger et Marc-Adrien Schnetzer (mathématique, Ecole d'ingénieurs et d'architectes).

Source : Service Communication & Marketing, tél. +41 26 300 70 34, email : marcom@unifr.ch