Die Mathematisch-Naturwissenschaftliche und Medizinische Fakultät besteht aus zwei Abteilungen mit jeweils einer Reihe von Departementen und Instituten, die zum Teil interdisziplinär ausgerichtet sind. Des Weiteren hat die Fakultät auch Verbindungen zu gewissen fakultätsübergreifenden Instituten und Zentren. Die Zuordnung der Departemente, Institute und Zentren zu den beiden Abteilungen ist aus dem Organigramm ersichtlich.
Departement für Geowissenschaften
Adolphe Merkle Institute for Nanoscience – AMI
Fribourg Centre for Nanomaterials – FriMat
National Centre of Competence in Research for Bio-Inspired Materials – NCCR
University of Fribourg Environmental Sciences and Humanities Institute - UniFR_ESH Institut
Interdisziplinäres Institut für Ethik und Menschenrechte – IIEDH
Departement für Endokrinologie, Metabolismus und kardiovaskuläres System – EMC
Departement für Neurowissenschaften und Bewegungswissenschaften – NMS
Departement für Onkologie, Mikrobiologie und Immunologie – OMI
Departement für Community Health – MPH
Departement für medizinische und chirurgische Fachgebiete – MSS
Institut für Hausarztmedizin – IMF
National Reference Centre for the Early Detection and Monitoring of Antibiotic Resistance – NARA